LA AEAT NO PUEDE RECHAZAR ESTE INFORME VINCULANTE SOBRE I+D+I

Tribunal Supremo: la AEAT no puede ignorar un informe vinculante sobre innovación tecnológica

Invertiste en tecnología. Obtuviste el informe oficial que reconocía tu proyecto como innovación tecnológica. Aplicaste la deducción en el Impuesto sobre Sociedades con total confianza. Y aun así, Hacienda cuestionó esa deducción apoyándose en un informe interno de sus propios inspectores.

Eso ya no puede ocurrir. El Tribunal Supremo lo ha dejado claro.

En tres sentencias dictadas en octubre de 2024, recursos de casación n.º 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023, la Sala de lo Contencioso-Administrativo ha establecido que los informes motivados vinculantes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación son plenamente obligatorios para la Agencia Tributaria. En todos sus aspectos: tanto en la calificación del proyecto como innovación tecnológica, como en la valoración de los gastos e inversiones asociados.

Dicho de otro modo: si el Ministerio de Ciencia dice que tu proyecto es innovación tecnológica, Hacienda no puede decir lo contrario.

Qué ocurrió y por qué importa a tu empresa

Durante años, muchas empresas que habían obtenido un informe favorable del Ministerio de Ciencia vieron cómo la AEAT rechazaba igualmente sus deducciones por I+D+i. Lo hacía amparándose en informes del llamado Equipo de Apoyo Informático (EAI), una unidad interna de la propia Agencia Tributaria que cuestionaba tanto la calificación de los proyectos como los gastos incluidos en la base de la deducción.

La Audiencia Nacional había respaldado en varias sentencias esa actuación de Hacienda. El Tribunal Supremo acaba de anularlas todas.

La razón de fondo es contundente: la misma Administración no puede sostener simultáneamente que una actividad es innovación tecnológica y que no lo es. Que una deducción es procedente y, al mismo tiempo, no lo es. Como señala el Supremo, nada puede ser y no ser al mismo tiempo.

El fundamento normativo se encuentra en el art. 35 de la Ley 27/2014, del Impuesto sobre Sociedades, que prevé expresamente que «las empresas puedan solicitar un informe al Ministerio de Ciencia para acreditar sus deducciones por innovación tecnológica, reconociendo a ese informe carácter vinculante para la Administración tributaria».

Qué ha dicho exactamente el Tribunal Supremo

• Segundo, la AEAT no puede neutralizar ese informe mediante documentos elaborados por sus propios funcionarios. El Supremo es explícito: el EAI no es un órgano independiente, sus funcionarios no tienen los conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre innovación tecnológica, y sus informes no fueron sometidos a contradicción pericial en el proceso. No constituyen prueba válida frente a un dictamen vinculante emitido por el ministerio competente.

El resultado práctico: las liquidaciones que denegaron esas deducciones han sido declaradas nulas.

Lo que esto significa para tu empresa hoy

Esta jurisprudencia es relevante para ti si tienes o pretendes aplicar deducciones por actividades de I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades. Concretamente:

• • Si ya cuentas con un informe motivado vinculante, tu posición frente a una inspección de Hacienda es ahora considerablemente más sólida. La AEAT no puede rechazar tu deducción apoyándose únicamente en criterios internos de inspección.
  • Si estás en un litigio en curso con la Agencia Tributaria por deducciones de innovación tecnológica, esta jurisprudencia puede ser determinante para tu caso. Los recursos de casación estimados por el Supremo anulan liquidaciones firmes que negaban deducciones ya reconocidas por el Ministerio.
  • Si inviertes en innovación pero aún no has solicitado el informe motivado, este es el momento de hacerlo. Es la herramienta de defensa más eficaz que existe frente a futuras comprobaciones de Hacienda: si el Ministerio de Ciencia reconoce tu proyecto, la AEAT queda vinculada por esa calificación.
  • Si tienes ejercicios abiertos a inspección en los que aplicaste deducciones por I+D+i respaldadas por informe vinculante, dispones ahora de jurisprudencia del Supremo para defender esas deducciones con solidez. Puede interesarte Cómo planificar el cierre del ejercicio fiscal.

Pasos concretos que puedes dar ahora

Antes de actuar, conviene que un asesor fiscal revise tu situación particular, porque los plazos de prescripción y los requisitos documentales varían en cada caso. Pero hay acciones que merece la pena poner en marcha:

• • • 1. Revisa si tienes deducciones de I+D+i activas o pendientes de inspección en ejercicios no prescritos y verifica si cuentas con el respaldo de un informe motivado. Puedes ver más deducciones en Cómo pagar menos en el Impuesto de Sociedades.
      2. Si vas a solicitar el informe vinculante, hazlo antes de presentar la autoliquidación del Impuesto de Sociedades o durante la comprobación. El informe debe cubrir tanto la calificación del proyecto como los gastos e inversiones asociados.
      3. Documenta con detalle cada proyecto de innovación: alcance, objetivo, gastos, hitos y resultados. Una documentación sólida es imprescindible tanto para obtener el informe como para sostenerlo ante Hacienda.
      4. Si recibes una propuesta de liquidación que cuestione tus deducciones por I+D+i con informe vinculante, recurre. Ahora tienes jurisprudencia clara del Tribunal Supremo a tu favor.

Invertir en innovación es apostar por el futuro de tu empresa. Que ese esfuerzo quede expuesto a una inspección que lo cuestione arbitrariamente no debería ser una opción. Si necesitas ayuda con el impuesto de sociedades o ya estás en una inspección ante la AEAT, o quieres prevenirla,  podemos ayudarte, escríbenos.